Klinické hodnoty dvou lncRNA signální dráhy estrogenového receptoru u invazivního duktálního karcinomu prsu

Stáhnout PDF English version

Autoři: S. Ilbeigi ¹; Y. Naeimzadeh ²; M. Davoodabadi Farahani ¹; M. Ee Monjezi Rafi ³; H. Dastsooz ⁴; A. Daraei ⁵; F. Farahani ¹; A. Dastgheib ¹; Y. Mansoori ⁶; M. Tabei S. Bagher ¹
Působiště autorů: Department of Medical Genetics, School of Medicine Shiraz University of Medical Science, Shiraz, Iran ¹; Department of Biology, Faculty of Sciences, Yazd University, Yazd, Iran ²; Department of Medical Immunology, Shiraz University of Medical Science, Shiraz, Iran ³; Department of life science and system biology, University of Turin, Turin, Italy ⁴; Department of Genetics, Faculty of Medicine, Babol University of Medical Sciences, Babol, Iran ⁵; Department of Medical Genetics, Fasa University of Medical Science, Fasa, Iran ⁶
Vyšlo v časopise: Klin Onkol 2021; 34(5): 382-391
Kategorie: Původní práce
doi: https://doi.org/10.48095/ccko2021382

Souhrn

Východiska: Invazivní duktální karcinom (invasive ductal carcinoma – IDC) je nejčastějším typem karcinomu prsu (breast cancer – BC) u žen s vysokou klinickou zátěží v důsledku svých vysoce invazivních vlastností. I přes to, že se rychle objevují nová data týkající se molekulární heterogenity invazivních karcinomů, mnohem méně je známo o molekulárních vzorcích IDC. Stále se zvyšující množství důkazů ukázalo, že heterogenní povaha BC souvisí s dysregulací dlouhých nekódujících RNA (long noncoding RNAs – lncRNAs). Metody: V této studii jsme analyzovali hladinu exprese dvou nových lncRNAs, LOC100288637 a RP11-48B3, v 51 tkáních IDC, které jsme porovnali s přilehlými nekancerózními tkáněmi. Nakonec bylo provedeno bioinformatické hodnocení. Výsledky: Výsledky kvantitativní polymerázové řetězové reakce ukázaly, že LOC100288637 a RP11-48B3 byly v nádorové tkáni významně overexprimovány, a to v porovnání s normálními vzorky (p = 0,0085 a p = 0,0002). Tyto dvě lncRNAs byly také overexprimovány jak v buněčné linii MDA-MB-231 tak v MCF-7 BC, ovšem v buněčné linii MDA-MB-231 byl pozorován vyšší vzorec exprese než u MCF7. Navíc LOC100288637 měl zvýšenou hladinu exprese u HER-2 pozitivních nádorů v porovnání s HER-2 negativními nádory (p = 0,031). Je zajímavé, že lncRNA RP11-48B3.4 byla upregulována u subjektů s IDC a menarche ve věku < 14 let, a to v porovnání s pacientkami s menarche ve věku ≥ 14 let (p = 0,041). Při jiném výsledku bylo pozorováno, že lncRNA RP11-48B3.4 je významně upregulována u nádorů nižšího histologického grade v porovnání se vzorky nádorů s vyšším grade (p = 0,047). A nakonec jsme pomocí bioinformatického hodnocení našli předpokládanou interakci mezi RP11-48B3.4 a mRNA „zinc finger and BTB domain containing 10“. Závěr: Naše zjištění svědčí o tom, že tyto lncRNAs, které potenciálně hrají onkogenní roli, jsou klinicky významně zapojeny do patogeneze IDC a mohou tedy sloužit jako nové markery pro diagnostiku a léčbu IDC.

Klíčová slova:

prognóza – dlouhé nekódující RNA – invazivní duktální karcinom prsu – LOC100288637 – RP11-48B3

Zdroje

1. Bray F, Ferlay J, Soerjomataram I et al. Global cancer statistics 2018: GLOBOCAN estimates of incidence and mortality worldwide for 36 cancers in 185 countries. CA Cancer J Clin 2018; 68 (6): 394–424. doi: 10.3322/caac.21 492.

2. Cancer Genom Atlas Network. Comprehensive molecular portraits of human breast tumors. Nature 2012; 490 (7418): 61–70. doi: 10.1038/nature11412.

3. Tulinius H, Bjarnason O, Sigvaldason H et al. Tumours in Iceland 10. Malignant tumors of the female breast: a histological classification, laterality, survival, and epidemiological considerations. APMIS 1988; 96 (3): 229–238. doi: 10.1111/j.1699-0463.1988.tb05296.x.

4. Tan PH and Ellis IO. Myoepithelial and epithelial-myoepithelial, mesenchymal, and fibroepithelial breast lesions: updates from the WHO classification of tumours of the breast 2012. J Clin Pathol 2013; 66 (6): 465–470. doi: 10.1136/jclinpath-2012-201078.

5. DeSantis CE, Lin CC, Mariotto AB et al. Cancer treatment and survivorship statistics, 2014. CA Cancer J Clin 2014; 64 (4): 252–271. doi: 10.3322/caac.21235.

6. Carninci P, Kasukawa T, Katayama S et al. The transcriptional landscape of the mammalian genome. Science 2005; 309 (5740): 1559–1563. doi: 10.1126/science. 1112014.

7. Du T, Zhang B, Zhang S et al. Decreased expression of long non-coding RNA WT1-AS promotes cell proliferation and invasion in gastric cancer. Biochim Biophys Acta 2016. 1862 (1): 12–19. doi: 10.1016/j.bbadis.2015.10. 001.

8. Kurokawa R. Long noncoding RNAs: structures and functions. Springer 2015.

9. Iranpour M, Soudyab M, Geranpayeh L et al. Expression analysis of four long noncoding RNAs in breast cancer. Tumour Biol 2016; 37 (3): 2933–2940. doi: 10.1007/s13277-015-4135-2.

10. Nie Z-L, Wang Y-S, Mei Y-P et al. Prognostic significance of long noncoding RNA Z38 as a candidate biomarker in breast cancer. J Clin Lab Anal 2018; 32 (1): e22193. doi: 10.1002/jcla.22193.

11. Calin GA, Liu C-G, Ferracin M et al. Ultraconserved regions encoding ncRNAs are altered in human leukemias and carcinomas. Cancer Cell 2007; 12 (3): 215–229. doi: 10.1016/j.ccr.2007.07.027.

12. Gupta RA, Shah N, Wang KC et al. Long non-coding RNA HOTAIR reprograms chromatin state to promote cancer metastasis. Nature 2010; 464 (7291): 1071–1076. doi: 10.1038/nature08975.

13. Wu L, Xu Q, Zhang H et al. A new avenue for obtaining insight into the functional characteristics of long noncoding RNAs associated with estrogen receptor signaling. Sci Rep 2016; 6: 31716. doi: 10.1038/srep31716.

14. Yang F, Lyu S, Dong S et al. Expression profile analysis of long noncoding RNA in HER-2-enriched subtype breast cancer by next-generation sequencing and bioinformatics. Onco Targets Ther 2016; 9: 761–772. doi: 10.2147/OTT.S97664.

15. The Cancer Genome Atlas. [online]. Available from: https: //www.cancer.gov/aboutnci/organization/ccg/research/structuralgenomics/tcga.

16. The atlas of non-coding RNA in cancer. [online]. Available from: https: //bioinformatics.mdanderson.org/publicsoftware/tanric/.

17. lncRNASNP2. [online]. Available from: http: //bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP#!/lncrna_info?lncrna=NON HSAT127417.2.

18. Reis-Filho J, Ellis I. WHO classification of tumors of the breast. IARC, Lyon 2012: 48–52.

19. Kominsky SL, Argani P, Korz D et al. Loss of the tight junction protein claudin-7 correlates with histological grade in both ductal carcinoma in situ and invasive ductal carcinoma of the breast. Oncogene 2003; 22 (13): 2021–2033. doi: 10.1038/sj.onc.1206199.

20. Harris M, Howell A, Chrissohou M et al. A comparison of the metastatic pattern of infiltrating lobular carcinoma and infiltrating duct carcinoma of the breast. Br J Cancer 1984; 50 (1): 23–30. doi: 10.1038/bjc.1984.135.

21. Wang J, Ye C, Xiong H et al. Dysregulation of long non-coding RNA in breast cancer: an overview of mechanism and clinical implication. Oncotarget 2017; 8 (3): 5508–5522. doi: 10.18632/oncotarget.12537.

22. Mansoori Y, Tabei MB, Askari A et al. Expression levels of breast cancer-related GAS 5 and LSINCT 5 lnc RNA s in cancer-free breast tissue: molecular associations with age at menarche and obesity. Breast J 2018; 24 (6): 876–882. doi: 10.1111/tbj.13067.

23. Mansoori Y, Zendehbad Z, Askari A et al. Breast cancer-linked lncRNA u-Eleanor is upregulated in breast of healthy women with a lack or short duration of breastfeeding. J Cell Biochem 2019; 120 (6): 9869–9876. doi: 10.1002/jcb.28269.

24. Tian T, Wang M, Lin S et al. The impact of lncRNA dysregulation on clinicopathology and survival of breast cancer: a systematic review and meta-analysis. Mol Ther Nucleic Acids 2018; 12: 359–369. doi: 10.1016/j.omtn.2018.05.018.

25. Burgess S, Thompson DJ, Rees JMB et al. Dissecting causal pathways using Mendelian randomization with summarized genetic data: application to age at menarche and risk of breast cancer. Genetics 2017; 207 (2): 481–487. doi: 10.1534/genetics.117.300191.

26. Day FR, Thompson DJ, Helgason H et al. Genomic analyses identify hundreds of variants associated with age at menarche and support a role for puberty timing in cancer risk. Nat Genet 2017. 49 (6): 834–841. doi: 10.1038/ng.3841.

27. Arshi A, Sharifi FS, Ghahfarokhi MK et al. Expression analysis of MALAT1, GAS5, SRA, and NEAT1 lncRNAs in breast cancer tissues from young women and women over 45 years of age. Mol Ther Nucleic Acids 2018; 12: 751–757. doi: 10.1016/j.omtn.2018.07.014.

28. Abdollahzadeh R, Daraei A, Mansoori Y et al. Competing endogenous RNA (ceRNA) cross talk and language in ceRNA regulatory networks: a new look at hallmarks of breast cancer. J Cell Physiol 2019; 234 (7): 10080–10100. doi: 10.1002/jcp.27941.

29. Zhong Z, Huang M, Lv M et al. Circular RNA MYLK as a competing endogenous RNA promotes bladder cancer progression through modulating VEGFA/VEGFR2 signaling pathway. Cancer Lett 2017; 403: 305–317. doi: 10.1016/j.canlet.2017.06.027.