Editorial
Vyšlo v časopise:
Klin. Biochem. Metab., 28, 2020, No. 3, p. 91
Kategorie:
Editorial
Vážené kolegyně, Vážení kolegové,
na jaře letošního roku se svět výrazně změnil kvůli pandemii způsobené koronavirem SARS-Cov-2. Laboratorní diagnostika se upřela na detekci viru a stanovení protilátek, které vytváří lidské tělo. Objevily se desítky diagnostických sestav a rychlotestů různých výrobců, často velmi pochybných analytických parametrů, včetně nejistoty, kdy má být test považován za pozitivní, a v jakém množství a čase lidské tělo začne protilátky vytvářet. Jsou k dispozici soupravy na stanovení protilátek jak klasickou ELISOU tak na automatických analyzátorech.
Základním testem je však přímý průkaz přítomnosti viru. Diagnostika Covid-19 je v současnosti většinově založena na detekci viru SARS-Cov-2 metodou reverzní transkripce a kvantitativní polymerázové reakce (RT-qPCR). Nutnost rychlého testování pacientů přijímaných v akutních stavech k hospitalizacím, ochrana zdravotnického personálu a požadavek na populační testování ve velkém objemu přináší řadu logistických problémů v preanalytické fázi a vyžaduje optimalizaci všech kroků vlastního diagnostického postupu. Nedílnou součástí je zajištění rychlého a správného způsobu předávání výsledků. Možnost optimalizace je komplikována růzností jednotlivých prvků diagnostického postupu na jednotlivých pracovištích a vytížeností laboratorních pracovníků.
Nutná je např. standardizace odběrových postupů a spotřebního materiálu a zajištění jejich kompatibility se stávajícími systémy evidence a primárního zpracování vzorků. Klíčová je minimalizace preanalytických chyb, způsobených prováděním odběrů a transportu vzorků v různém prostředí a za různých podmínek. Zcela zásadní je pak snížení rizika infekce pracovníků odběrových a mikrobiologických laboratoří při manipulaci s potenciálně infekčním materiálem. Následné způsoby izolace RNA a RT-qPCR musí v případě nutnosti umožnit rychlé manuální stanovení přítomnosti viru v jednotlivých vzorcích a současně musí být použitelné i ve vysoce automatizovaném procesu zajišťujícím maximalizaci testovací kapacity. Začátek pandemie ukázal, že je též nutné hledat cesty ke snižování závislosti provozu na komerčních kitech z důvodu jejich možného nedostatku v kritických situacích.
Z těchto východisek jsme vycházeli při zavádění metodiky pro diagnostiku Covid-19 v Laboratoři klinické mikrobiologie Ústavu lékařské biochemie a laboratorní diagnostiky VFN a 1. LF UK (ULBLD-LKM).
Ve spolupráci s výzkumným pracovištěm Kliniky dětského a dorostového lékařství VFN a 1. LF UK se nám podařilo v rámci VFN sjednotit odběr klinického materiálu do vlastního odběrového média (viRNAtrap). Výhodou tohoto postupu je okamžitá desinfekce odebraného materiálu a stabilizace virové RNA ihned po vložení odběrové štětičky do roztoku. RNA je v roztoku stabilní při pokojové teplotě po dobu několika dnů. Bylo vyzkoušeno, že je pro tento způsob odběru možné použít jakékoliv typy odběrových štětiček, které jsou dostupné v současnosti ve VFN. Odběrový roztok je kompatibilní s různými typy manuální i automatizované izolace nukleových kyselin. V našem prostředí se nám osvědčil zejména v kombinaci s izolací RNA pomocí magnetických kuliček, kdy RNA izolujeme za méně než 10 minut ve vysokém výtěžku a čistotě.
Ověřili jsme si, že je izolovaná RNA analyzovatelná nejen různými postupy RT-qPCR, ale i metodami sekvenování nové generace. To nám otevírá cestu nejen k paralelní analýze různých typů virových nákaz, ale i k analýze mikrobiomu a reakce potenciálně infikovaných tkání hostitele na úrovni genové exprese.
Musíme se naučit s koronavirem SARS-Cov-2 žít, neboť tento vir tady je a nejspíše ještě chvíli bude, musíme dbát rozumných protiepidemiologických opatření a nezapomínat, že také musíme testovat jiná onemocnění včetně infekčních.
Prof. MUDr. Stanislav Kmoch
Prof. MUDr. Tomáš Zima
Štítky
Biochemie Nukleární medicína Nutriční terapeutČlánek vyšel v časopise
Klinická biochemie a metabolismus
2020 Číslo 3
- Farmakologická léčba obezity u pacientek se syndromem polycystických ovarií – systematický přehled a klinická doporučení
- GLP-1RA a PCOS: Je to „jenom“ o hmotnosti?
- Zpracované masné výrobky a červené maso jako riziko rozvoje kolorektálního karcinomu u žen? Důkazy z prospektivní analýzy
- Efektivita léčby a možné indikace liraglutidu v gynekologii
Nejčtenější v tomto čísle
- Laboratorní diagnostika COVID-19
- Vitamin D - prevence a léčba u dětí a dospívajících
- Vitamin D 2019 - standardizace i chaos. Miniaturní model prezentace vědy v současnosti.
- Vitamin D a kardiovaskulární choroby. Co víme v roce 2020?