Molecular Diagnostic Europe
Hannover, 4. až 7. října 2010

Začátkem října 2010 pořádala v Hannoveru organizace Cambridge Healthtech Institute konferenci „Molecular Diagnostic Europe“ se třemi paralelně probíhajícími programy: „Molecular Diagnostics from Bench to Bedside“, „NGS: The Ultimate for Molecular Diagnostics“ a „Point-of-Care Diagnostics“.

První den byl věnován třem krátkým kurzům, z nichž jsem si vybral „Making sense of Next-Generation Sequencing Data“.

Konference v Hannoveru probíhala paralelně ještě s dalšími akcemi, např. s „5. světovým kongresem preventivní a regenerativní medicíny“, jejíž některé přednášky se mi rovněž podařilo navštívit.

Výhodnost umístění konferencí do areálu hannoverských veletrhů jsem pochopil poměrně záhy, jakmile se mi podařilo neztrácet se mezi jednotlivými přednáškami, umístěnými sice v jedné, ale poměrně rozlehlé budově v různých patrech a propojených mnoha schodišti a chodbami. Přednáškové prostory byly různé velikosti, od nejmenších – jen cca pro několik desítek posluchačů – až po rozsáhlé, kam se jich jistě vešlo i mnoho set. Konference byla spojena s výstavou naplněnou stánky mnoha výrobců, ale i nejrůznějších institucí, které upozorňovaly například na regionální podporu výzkumu a jeho výsledky (např. „Biotech Information-System Baden-Würtemberg). Ve stejné, typicky veletržní budově, byly umístěny i postery, které možná trpěly touto konkurenční polohou. Stručně řečeno umístění konference do veletržního areálu vybudovaného s prostorovou a funkční velkorysostí se ukázalo jako velice užitečné a dalo se ně reagovat jen vzedmutím typické české závistivosti, neboť něco obdobného v Česku postrádáme a pravděpodobně ani v nejbližší době mít nebudeme. V Praze sice máme Kongresové centrum na Pankráci, pro tyto účely však zcela nevhodné, a částečně vyhořelý historický Veletržní palác v Holešovicích. Oba ovšem postrádají dostatek vhodných prostor pro přednášky. Na druhé straně máme mnoho různě umístěných přednáškových sálů, avšak bez vhodného zázemí a místa pro vystavovatele, jejichž přítomnost je obvykle velkým ekonomickým přínosem. Ani Brno na tom není o mnoho lépe, byť disponuje veletržním areálem, který ovšem zdaleka neodpovídá současným potřebám takových akcí. I na brněnském výstavišti se přednáškových prostor nedostává. Je otázkou, do jaké míry se tam budovaný „Kampus“ tomuto způsobu vědecké komunikace přizpůsobí.

Vzhledem k odbornému obsahu sjezdu mě příjemně překvapil přístup nejrůznějších komerčních institucí, které se nesoustředily výlučně na propagaci svých výrobků, ale dokázaly nabídnout i přednášky, které zcela organicky zapadly mezi ty, které pocházely od vědeckých institucí. Ukázalo se, že přínos komerčních a nekomerčních organizací může být srovnatelný a dobře propojitelný, což už ostatně bylo zřejmé z projektu sekvenování lidského genomu HGP. I v tomto směru můžeme jen závidět nejen našim vzdáleným, ale i blízkým západním sousedům, u nichž se tato oblast průmyslu bohatě rozvinula. V době intenzivního výzkumu lidského genomu je totiž výroba laboratorních pomůcek stále více závislá na ověřování jejich vhodnosti v praxi. Dochází k tomu, že rychlost pokroku ve výzkumu díky své závislosti na použitých technologiích současně pohání vpřed jejich vývoj. Proto se dnes v době nové generace sekvenačních přístrojů objevují stále nové typy, stále nová řešení s rozšiřující se paletou jejich výrobců. Přestože lze předpokládat, že jejich výkonnost poroste, a tedy náklady na jejich provoz se budou neustále snižovat, žádná výzkumná instituce nechce čekat, ale aby ostatni předčila, nebo alespoň s nimi udržela krok, nakupuje a používá ty, které jsou momentálně k dispozici. I když si je vědoma, že za několik let budou tyto přístroje nejspíš zastaralé. Honba za vědeckou prestiží – kdo dříve – nutí výzkumné instituce investovat stále větší sumy do zařízení se stále kratší morální životností. To zároveň vede ke vzniku institucí, které – většinou na privátní bázi – investují do těchto nákladných zařízení a nabízejí jejich používání ve formě služeb. Soustředí v sobě pracovníky, kteří taková zařízení obsluhují, a z výzkumných pracovníků, kteří takovým vybavením nedisponují, se stávají jejich zákazníci. Výrobci jsou dokonce ochotni poskytovat kooperujícím ústavům tyto velice nákladné přístroje zdarma, vlastně v podobě půjčky za oplátku. Zadávají jim úkoly, které jsou nad jejich vlastní možnosti, dnes již ne technické, ale znalostní a zkušenostní. Na rozdíl od výrobců techniky výzkumné organizace disponují stejně cenným, ne-li cennějším mate­riálem – vzorky a k nim se vážícími informacemi. Jde o formu spolupráce, která zvyšuje efektivitu výzkumu a snižuje náklady.

Hned v předkonferečním „kurzu“ bylo mé sebevědomí náležitě pokořeno díky mé nízké počítačové gramotnosti, neboť všechny tři přednášky „Next-Generation Sequencing Analysis and Beyond“, „Galaxy: Making NGS Analyse Accessible for All“ a „Dissecting Cancer Development Using Whole-Genome Sequencing“ předpokládaly zřetelně více. Nemohl jsem se totiž opírat o to, čím mě kdysi vybavila gymnaziální studia, i když mi před 60 lety jejich kvalita velice usnadnila vstup na vysokou školu. Přesto, že jsem mnohému neporozuměl, pochopil jsem, že současný výzkum v biologických vědách nezbytně potřebuje obor, kterému říkáme bioinformatika, a v něm pracovníky, kteří jsou počítačově vysoce gramotní či dokonce kreativní, kteří se vyznají nejen v matematických operacich a statistických výpočtech, ale dokonce i v problematice vědy, pro kterou pracují, tedy například v biologii nebo medicíně. A opět se vracíme k předcházejícímu odstavci. Protože takových odborníků je málo – jsou nedostatkovým zbožím, často zřetelně přepláceným, je rozumné soustředit je do pracovišť, a to nejlépe takových, kde mohou pracovat na zakázku. To by ovšem vyžadovalo změnit strukturu projektů založených na podpoře státu tak, aby dostatek prostředků byl v kolonce služeb a méně již ve vlastních materiálových nákladech, anebo ještě lépe, aby přesun byl možný bez velkého úřadování, anebo vznikla jedna společná kolonka pro služby i pro materiálové náklady. Vraťme se však od obecných poznámek ke konkrétnímu obsahu konference. V rámci cyklu „Cesta molekulární diagnostiky od laboratorního stolu k lůžku nemocného“ přednesená úvodní přednáška Tim Warda z university v Manchesteru „V krevním řečišti přítomná nádorová DNA jako prediktivní biomarker v onkologii“ byla velice zajímavá. Ukázala, že krevním řečištěm putuje mnohem více nejrůznějšího materiálu, než možná tušíme, který jsme schopni identifikovat a který lze dobře využít v diagnostice. Dobře víme, že u těhotných žen, zvláště ke konci těhotenství, lze nalézt buňky plodu využitelné k diagnóze pohlaví, ale i dalších znaků. Dokonce je v současnosti (EMQN – European Molecular Genetics Quality Network) připravována externí kontrola kvality pro laboratoře, které se touto diagnostikou zabývají. Celý první den byl tento cyklus přednášek věnován nádorové problematice a molekulárním metodám v detekci a charakterizaci patogenních organismů. Mezi nimi mne pochopitelně zvlášť zajímaly ty, které metodicky vycházely z nových sekvenčních technologií (NGS – New Generation Sequencing). Tato problematika se stala „módní náplní“ mnoha světových sympozií, neboť je odbornou i laickou veřejností považována za skok vpřed, který ohromně posune diagnostiku nejrůznějších stavů včetně patologických směrem k lidské individualitě – k tzv. personalizaci medicíny. Vzhle­dem k „módnosti“ této vlny v technickém pokroku, který se stává bičem i na vývoj počítačových systémů, neboť jejich současné kapacity a rychlosti manipulacím a uchováváním množství produkovaných dat již přestávají stačit, bychom však měli zůstat opatrní, neboť mezi genotypem a fenotypem není jednoduchá úměra a rozhodně nemá znaménko =. Téhož dne byla ještě jedna přednáška věnována průkazu nádorového bujení, dokonce kvantitativnímu, vyšetřením plazmy pacientů: „Použití nádorově specifických genomických přestaveb ke kvantitativnímu stanovení zátěže z plazmy u solidních nádorů“. Takové nakupení určité problematiky lze použít k odhadu směřování oborů.

Druhý den zasedání byl pro mne zahájen příjemným překvapením, neboť šťastnou náhodou se mi podařilo usednout na jedno z mála volných míst hned vedle Marjolein Krie­kové z Holandska, která je první ženou, jejíž genom byl kompletně osekvenován, a která o tom i přednášela. Těchto zveřejněných nálezů postupně přibývá a stávají se tak ledoborcem drtícím skrupulózní ochranu osobních údajů. Sama upozorňovala na některá úskalí s tím spojená – na otázku vztahu k příbuzným, spíše na etické než právnické problémy. Jistě všichni cítíme, že rozhodování o stanovení sekvence celého našeho genomu, zvlášť pro osobu, která si je vědoma všech možných důsledků, není lehké a bude zcela individuální, závislé nejen na znalostech, ale i na názorech vštípených výchovou, případně přijatou ideologií. Stává se problémem, kterému se budou muset věnovat, pokud již nezačali, nejen ekonomové zdravotní péče, ale i zákonodárci, ale hlavně reprezentanti společenských věd, počínaje filozofy. Právě ze zmíněných důvodů a souvislostí Marjolein Krieková nedoporučuje svým pacientům využívání komerčního testování, neboť v něm často převažují ekonomické zájmy nad odbornými a zvláště etickými aspekty. Genomika se totiž svými nálezy nedotýká jen osoby vyšetřované, ale do jisté míry odhaluje i genetickou výbavu biologicky příbuzných osob. Jestliže dnes dokážeme získat genetické informace z jediného vlasového kořínku, zatím sice v ekonomikou omezené míře, není daleko doba, kdy ekonomické překážky se natolik zmenší, že zůstanou jen ohraničení ideologická, případně meze právní. A pokud se jedná o řešení této situace v domácím prostředí, dal bych přednost názorům odborníků, pokud takové, dostatečně nezaujaté a vstřícné k názorům druhých, u nás najdeme.

Ústředním motivem přednášky Stehena Littla (Qiagen) „Pioneering Personalized Healthcare through Pharma Partnering: A Case Study in Companion Diagnostic Co-Development“ byl názor, se kterým nelze než souhlasit, že vývoj léků by měl být provázen vývojem potřebné diagnostiky, která by měla být schvalována současně. Tím by se urychlil proces schvalování, který je zbytečně zdlouhavý, a zvýšila se klinická užitečnost. Ke stejnému závěru můžeme hned připojit i výsledky vztahující se k diagnostice HIV založené na sekvenování virového genomu, zmíněné Rudim Pauwelsem v přednášce „Drivers, Challenges and Opportunities to Bring Diagnosis Closer to the Point of Need“. Bylo tak identifikováno víc než 200 různých genomů HIV a pochopitelně mnohonásobně větší počet fenotypů, což při nejméně 25 různých léčivech umožňuje jejich cílené nasazování. Mimo jiné upozornil na to, že ačkoliv náklady na diagnostiku představují méně než 10 % zdravotnických nákladů, mají zásadní význam pro víc jak 75 % rozhodování.

Náklady na celogenomé sekvenování zmíněné v přednášce Linn Hoanga z Life Technologies poklesly v současné době již pod 5000 USD (použitý přístroj SOLID 4, což je hodnota zmiňovaná i v literatuře a odpovídá cca 100 000 Kč – pozn. autora). Tato cena je podle jeho názoru již přijatelná pro mnoho výzkumných projektů, nicméně klinicky není tato možnost molekulárního profilování zatím využívána. Zmíníme-li se na tomto místě o odhadech nákladů na interpretaci – ty zatím, ve svém momentálním vývojovém stadiu, které můžeme považovat již za započaté, by byly téměř 20× vyšší. Protože nemám rád dnes tak rozšířené přepočítávání čehokoliv na peníze, je pro mne podstatné, že interpretační vyhodnocení sekvence lidského individuálního genomu nám bude ještě nějakou trvat a nikdy nebude zcela „jednoznačné“, protože rozhodně ne vše nám řeknou v něm obsažené informace. Touto „deklarací“ bych rozhodně nechtěl snižovat význam našeho poznání lidského genomu, které se přesunuje od struktury k funkci, avšak genotyp pacienta, který máme před sebou, nedefinuje vše. A tak i když dnes již řada firem na popisované konferenci nabízela hodnotící programy a schopnost zvládat množství informací produkované dnešními sekvenčními přístroji, jde většinou spíše o analytickou interpretaci a nikoliv klinickou, tj. určení množství odchylek a jejich typu. Frank Schacherer z organizace BIOBASE GmbH upozornil na užitečný zdroj informací: (http://www.biobase-international.com/, http://main.g2.bx.psu.edu/), a navázal tak na přednášky z prvního předkonferenčního dne. Připomeňme si, že projekt 1000 genomů (www.1000genomes.org/ page.php), který měl prozkoumat tisíc individuálních genomů, je již zvyšován na 2500, neboť dosud zpracované výsledky přinášejí tolik údajů, že za současné situace bude rozšíření přínosné.

V rámci pokusu o celkový dojem z konference musím připustit, že jsem obtížně odolával závistných pocitů z toho, jaké možnosti pro pokrok vědy dnes ve světě existují ve srovnání s tím, co mi připomíná má paměť. A tak se zdá, že nezbývá než přát těm mladším, aby využili všeho, co jim dnešek nabízí. Využijí? Jak?

Podpořeno grantem IGA 9804.

prof. MUDr. Radim Brdička, DrSc.
Ústav experimentální medicíny AV ČR a Ústav hematologie a krevní transfuze, Praha