Multioborová spolupráce při záchytu prvního českého případu varianty SARS-CoV-2 omikron

Multi-branch cooperation on SARS-CoV-2 omicron capture: a case report

Shortly after the WHO’s first notice a suspected case of omicron SARS-CoV-2 was reported in Liberec, Czech Republic. The primary goal of the following actions was to test the presence of the variant and stop the spread of the virus variant.

On November 25 a sixty-year-old lady, who had recently returned from Namibia, visited a GP with flu-like symptoms and a rash on her chest. The antigen test was positive for SARS-CoV-2, a PCR test was planned. At that time, it was not known that a new variant of concern was spreading from Africa.

On November 26 in the morning the GP announced a suspected omicron case to the Regional public health authority, who organized the following steps. A mobile sampling team was sent to the patient's home immediately, sample transported into the regional hospital and analyzed with the help of the national reference laboratory. The captured virus SARS-CoV-2 fitted the description of the omicron variant, was shared in the GISAID database and named hCoV-19/Czech Republic/KNL_2021-110119140/2021. Contact tracing was started immediately, eleven persons were tested and quarantined. One of them positive with no further spread.

It is the first documented omicron case in the Czech Republic and one of the first cases in Europe, with an excellent systemic response to the alert. The laboratory was able to detect the omicron variant instantly after the request.

This case also demonstrates how easily the virus spreads on long distances and how important it might be to increase the uptake of the booster vaccine.

Keywords:

SARS-CoV-2 – COVID-19 – case report – omicron

Autoři: Iva Dolinová ¹; Jana Prattingerová ²; Pavel Kočí ³; Martin Kracík ¹; Tomáš Zajíc ¹; Kateřina Štillerová ¹; Kateřina Arientová ¹; Sebastian Cristian Treitli ⁴; Helena Jiřincová ⁵; Magdalena Ceé ²; Lucie Čermáková ²; Vladimír Valenta ²; Tereza Kopecká ⁶; Tomáš Jirásek ⁷
Působiště autorů: Oddělení genetiky a molekulární diagnostiky, Krajská nemocnice Liberec ¹; Krajská hygienická stanice Libereckého kraje ²; Praktický lékař, Osečná ³; Katedra parazitologie PřF UK, BIOCEV ⁴; Národní referenční laboratoř pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění, Státní zdravotní ústav ⁵; Oddělení ústavního hygienika, Krajská nemocnice Liberec ⁶; Centrum PATOS, Krajská nemocnice Liberec ⁷
Vyšlo v časopise: Čas. Lék. čes. 2022; 161: 24-27
Kategorie: Kazuistika

Souhrn

Krátce po prvním oficiálním oznámení Světové zdravotnické organizace byl v Liberci odhalen a potvrzen první český případ nákazy COVID-19 způsobené variantou SARS-CoV-2 omikron. Zároveň se jednalo o jeden z prvních zachycených evropských případů. Za méně než 24 hodin od ohlášení suspekce praktickým lékařem, bezodkladně reagujícího na první informaci o existenci nové varianty koronaviru ve sdělovacích prostředcích, byla tato varianta potvrzena sekvenací, kterou byla laboratoř schopna provést ihned po vyžádání. To umožnilo okamžité trasování kontaktů, při němž bylo vyšetřeno a izolováno jedenáct osob. Jedna z nich byla testována pozitivně, šíření viru bylo izolací zastaveno. Případ mimo jiné ukazuje na snadné šíření viru SARS-CoV-2 na dlouhé vzdálenosti.

Klíčová slova:

SARS-CoV-2 – COVID-19 – omikron

ÚVOD

26. listopadu 2021 označila Světová zdravotnická organizace (WHO) variantu omikron za vzbuzující obavy (1) a krátce na to zprávu uveřejnila média po celém světě. Jedním z posluchačů ranních zpráv byl i praktický lékař z Liberce, který předchozího dne poskytl péči pacientce, u níž se po návratu z Namibie objevily příznaky podobné chřipce.

60letá žena se vrátila do Česka z fotografické expedice do Afriky. Strávila dva týdny cestováním po Namibii a vracela se zpátky 19. listopadu letem 4Z125 z Windhoeku do Johannesburgu (13.25–15.20), EK764 z Johannesburgu do Dubaje (18.50–5.05), 21. listopadu pokračovala letem EK139 z Dubaje do Prahy (9.10– 12.55). Poté jela vlastním vozem domů do Liberce.

První symptomy nemoci zpozorovala 23. listopadu – vyčerpání a příznaky podobné chřipce; o dva dny později navštívila praktického lékaře. Při vyšetření měla zvýšenou teplotu 37,7 °C, rýmu a papulózní exantém na hrudníku. Lékař odebral nazofaryngeální stěr a provedl antigenní test na přítomnost SARS-CoV-2 (AG Roche – SD Biosensor), který vyšel pozitivní. Poté vložil údaje do systému ISIN a vystavil žádanku na PCR vyšetření. V této době ještě nebylo známo, že se z Afriky šíří nová varianta viru SARS-CoV-2 vzbuzující obavy.

Pacientka byla před nákazou celkově zdravá, očkovaná 2 dávkami vakcíny Comirnaty (Pfizer/BioNTech), šarže EY 3014 a FD 4555 v květnu a červnu 2021. PCR test byl původně, vzhledem ke kapacitě testovacích center, plánovaný s několikadenním odstupem. Ta byla při vrcholící vlně varianty delta zahlcena enormním počtem vzorků.

26. listopadu v 6.30 ráno praktický lékař po vyslechnutí zpráv nahlásil podezření na případ nákazy variantou omikron Krajské hygienické stanici (KHS) Libereckého kraje.

PRŮBĚH PŘÍPADU

25. listopadu odpoledne: Pacientka byla pozitivně testována na antigen viru SARS-CoV-2.
26. listopadu v 6.30: Praktický lékař hlásí podezření na KHS.
26. listopadu v 8.17: Laboratoř Oddělení genetiky a molekulární diagnostiky Krajské nemocnice Liberec (OGMD KNL) potvrzuje možnost okamžitého vyšetření varianty omikron.
26. listopadu před polednem: Mobilní odběrový tým přijíždí k pacientce domů a odebírá nazofaryngeální stěr.
26. listopadu v poledne: Vzorek je přijat do laboratoře OGMD KNL.
26. listopadu v 17.45: PCR test je pozitivní.
26. listopadu v 18.00: První detekce mutace s výsledkem vysoké suspekce na variantu B.1.1.529 (omikron) je započata.
26. listopadu ve 20.45: Výsledek je hlášen pacientce, Krajské hygienické stanici, Národní referenční laboratoři, hlavní hygieničce a ministru zdravotnictví. Událost byla vložena do systému včasného varování COVID-19.
26. listopadu ve 22.00: Druhá detekce mutace, její výsledky byly okamžitě konzultovány s Národní referenční laboratoří, je započata.
27. listopadu v 1.00: Sekvenace, která po dokončení potvrdila identitu varianty omikron SARS-CoV-2, je zahájena.
27. listopadu v 9.30: Probíhá trasování kontaktů nakažené.
27. listopadu v 10.22: Byla zaslána zpráva ministru zdravotnictví za účelem trasování kontaktů na palubách letadel.
28. listopadu v 5.07: Ministr zdravotnictví předává hlavní hygieničce údaje o 313 pasažérech z letu z Dubaje do Prahy. Mezi nimi je sedm obyvatel Libereckého kraje.
29. listopadu: Exantém na hrudníku pacientky se vyhojil.
3. prosince: Pacientka se cítí zcela zdráva, ale její manžel má symptomy COVID-19 a pozitivní PCR test.

POSTUP VYŠETŘENÍ

Epidemiolog Krajské hygienické stanice okamžitě po převzetí hlášení suspekce alarmoval laboratoř OGMD a zorganizoval mobilní odběrový tým. Ten přijel za pacientkou domů, kde byla v izolaci. K odběru byl použit set Disposable Virus Sampling Tube (Shenzhen Zijian Biotechnology Co., Čína).

Bezprostředně poté byl vzorek dopraven do laboratoře. Po izolaci RNA s použitím ZiXpress Viral DNA/RNA 960 (Zinexts Life Science Corp., Tchaj-wan) na přístroji KingFisher Flex (ThermoFisher Scientific, USA) proběhla amplifikace s kitem Allplex SARS-CoV-2 Assay (Seegene Inc., Korea) na přístroji CFX96 (Bio-Rad, USA). PCR reakce pro detekci specifických mutací byla provedena dvakrát – s kitem Kogene (N501Y neg, K417T pos, E484K neg, WT pos) a Seegene (del69-70 pos, N501Ypos, E484K neg, WT pos). Povšimněme si, že jeden z těchto kitů mutaci N501Y nezachytil.

Laboratoř OGMD KNL výsledek okamžitě oznámila Národní referenční laboratoři pro chřipku a nechřipková respirační virová onemocnění Státního zdravotního ústavu (NRL). Ta doporučila nepřevážet vzorek do Prahy, ale provést sekvenaci na místě, bezprostředně po dokončení RT-PCR a detekci mutací.

K analýze byl použit Ion AmpliSeq SARS-CoV-2-Insight Research Panel GX (ThermoFisher Scientific, USA) a Ion Torrent Genexus System (ThermoFisher Scientific, USA). Celá sekvenace byla dokončena za 20 hodin. K identifikaci varianty byl použit integrovaný software Ion Torrent Genexus a ke konfirmaci systémy Varscan2, Freebayes a Ivar.

Výsledná sekvence potvrdila identitu varianty omikron SARS-CoV-2 (obr. 1 a 2). Byla nahrána na databázi GISAID pod číslem EPI_ISL_6862005 a pojmenována hCoV-19/Czech Republic/KNL_2021-110119140/2021.

**Obr. 1. Fylogenetický strom libereckého viru hCoV-19/Czech Republic/KNL_2021-110119140/2021 získaný na základě sekvenace**

**Obr. 2. Detailní pozice různých variant vzbuzujících obavy viru SARS-CoV-2 ve fylogenetickém stromě, se zvýrazněnou pozicí libereckého viru hCoV-19/Czech Republic/KNL_2021-110119140/2021**

TRASOVÁNÍ KONTAKTŮ

Pacientka byla přesvědčená o tom, že se nakazila buď na některém letišti v Jižní Africe, nebo během letu do Dubaje. V letadle (Airbus A380) cestovalo asi 700 osob. Před odletem strávili cestující asi hodinu čekáním ve stísněné místnosti, kde bylo několik plačících dětí bez roušek. Pacientka sama měla respirátor FFP2 po celou dobu letu, kromě doby, kdy se podávalo jídlo.

Během cesty a po návratu domů se pacientka dostala do kontaktu s 11 osobami, z nichž 1 se nakazila (tab. 1).

**Tab. 1. Základní data osob, které během sledovaného období vešly do kontaktu s pacientkou**

Praktický lékař měl po celou dobu vyšetření respirátor FFP2, stejně jako sestra. Pacientka ho měla také, kromě doby odběru nazofaryngeálního stěru. Oba zdravotníci byli očkováni třemi dávkami vakcíny proti SARS-CoV-2, KHS jim doporučila režim pracovní karantény na pět dní. 30. listopadu se zdravotníci podrobili PCR testování, s negativním výsledkem. V čekárně byla pacientka sama.

28. listopadu v 17.07 předal ministr zdravotnictví hlavní hygieničce údaje o 313 pasažérech letu z Dubaje do Prahy. Mezi nimi bylo sedm obyvatel Libereckého kraje – pět očkovaných dospělých a dvě děti, jedno z nich očkované. Jeden dospělý měl kašel, ostatní byli bez příznaků. 29. listopadu je všechny navštívil mobilní odběrový tým, výsledky všech PCR testů byly negativní.

Pacientka a její manžel, kterého posléze nakazila, byli ihned po pozitivním výsledku PCR testu izolováni. Onemocnění pacientky trvalo 11 dnů, manžel měl také lehký průběh. V Libereckém kraji v tuto dobu nebyl odhalen žádný další případ nákazy variantou omikron.

DISKUSE

Varianta omikron viru SARS-CoV-2 představuje kombinaci mutací předchozích variant vzbuzujících obavy (2). Je spojována s vyšší nakažlivostí (3) a výraznější schopností překonávat postvakcinační imunitu hostitele (3). Pravděpodobně vznikla v Botswaně (4) a první evropský případ byl diagnostikován v Belgii 22. listopadu 2021 (5).

Tato práce mimo jiné demonstruje, jak snadno se koronavirus šíří v dnešním světě, a podtrhuje význam posilovací dávky očkování (6, 7).

ZÁVĚR

Popsaná epidemiologická akce odhalila první případ onemocnění COVID-19 variantou omikron a díky včasné diagnostice a trasování se podařilo šíření viru zastavit. Postup v režii KHS LK byl precizně organizovaný, efektivní a bez zbytečných latencí.

Šíření varianty omikron nebylo možné zcela zabránit, ale díky včasnému záchytu tohoto importu bylo možné oddálit její převládnutí na dobu, kdy se výrazně snížil počet pacientů infikovaných variantou delta. Dopad na provoz nemocnic tak byl mírnější, než kdyby další výrazný nárůst počtu případů nastal v době vrcholící vlny.

Adresa pro korespondenci:

Mgr. Iva Dolinová, Ph.D.

Oddělení genetiky a molekulární diagnostiky, Krajská nemocnice Liberec, a. s.

Husova 357/10, 460 63 Liberec

e-mail: iva.dolinova@nemlib.cz

Zdroje

World Health Organization. Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern. WHO, 26. 11. 2021. Dostupné na: www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern
Aleem A, Akbar Samad AB, Slenker AK. Emerging variants of SARS-CoV-2 and novel therapeutics against coronavirus (COVID-19). StatPearls Publishing, Treasure Island, 2021. Dostupné na: www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK570580
Gao SJ, Guo H, Luo G. Omicron variant (B.1.1.529) of SARS-CoV-2, a global urgent public health alert! J Med Virol 2022; 94(4): 1255–1256.
Callaway E. Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert. Nature 2021; 600(7887): 21.
Torjesen I. Covid-19: Omicron may be more transmissible than other variants and partly resistant to existing vaccines, scientists fear. BMJ 2021; 375: n2943.
Munro APS, Janani L, Cornelius V et al. Safety and immunogenicity of seven COVID-19 vaccines as a third dose (booster) following two doses of ChAdOx1 nCov-19 or BNT162b2 in the UK (COV-BOOST): a blinded, multicentre, randomised, controlled, phase 2 trial. Lancet 2021; 398(10318): 2258–2276.
Dolgin E. Omicron is supercharging the COVID vaccine booster debate. Nature 2021, doi: 10.1038/d41586-021-03592-2.

Štítky

Adiktologie Alergologie a imunologie Angiologie Audiologie a foniatrie Biochemie Dermatologie Dětská gastroenterologie Dětská chirurgie Dětská kardiologie Dětská neurologie Dětská otorinolaryngologie Dětská psychiatrie Dětská revmatologie Diabetologie Farmacie Chirurgie cévní Algeziologie Dentální hygienistka

Článek Fyziologie stárnutí

Článek Přispívají kliničtí farmaceuti k minimalizaci pádů pacientů ve zdravotnických zařízeních i v Česku? 10leté sledování a zkušenosti z ÚVN Praha

Článek Současné možnosti léčby monogenních syndromů periodických horeček – úloha inhibitorů interleukinu 1

Článek Domácí transfuze v kontextu poskytování paliativní péče v Česku

Článek Doporučení pro léčbu závislosti na tabáku

Článek 17. Šonkův den

Článek Ohlédnutí za konferencí IZS Karlovy Vary 2021

Článek Odešel nestor české geriatrie docent Jiří Neuwirth

Článek PŘEDNÁŠKOVÉ VEČERY SPOLKU ČESKÝCH LÉKAŘŮ V PRAZE (DUBEN – ČERVEN 2022)

Článek vyšel v časopise