Infrastruktura výzkumných biobank BBMRI_CZ: klíčový nástroj translačního výzkumu v onkologii

English version

Autoři: Petr Holub ¹; K. Greplová ²; D. Knoflickova ³; R. Nenutil ³; D. Valík ²
Působiště autorů: CERIT-SC, Institute of Computer Science, Masaryk University, Brno, Czech Republic, and Masaryk Memorial Cancer Institute, Regional Centre for Applied Molecular Oncology, Brno, Czech Republic ¹; Regional Centre for Applied Molecular Oncology and Department of Laboratory Medicine, Masaryk Memorial Cancer Institute, Brno, Czech Republic ²; Regional Centre for Applied Molecular Oncology and Department of Pathology, Masaryk Memorial Cancer Institute, Brno, Czech Republic ³
Vyšlo v časopise: Klin Onkol 2012; 25(Supplementum 2): 78-81

Práce byla podpořena Evropským fondem pro regionální rozvoj a státním rozpočtem České republiky (OP VaVpI – RECAMO, CZ.1.05/2.1.00/03.0101) a projekty Velkých infrastruktur pro VaVaI MŠMT BBMRI_CZ LM2010004 a CERIT-SC CZ.1.05/3.2.00/08.0144.

Autoři deklarují, že v souvislosti s předmětem studie nemají žádné komerční zájmy.

Redakční rada potvrzuje, že rukopis práce splnil ICMJE kritéria pro publikace zasílané do bi omedicínských časopisů.

Obdrženo: 12. 10. 2012
Přijato: 25. 10. 2012

Souhrn

V tomto sdělení popisujeme národní infrastrukturu výzkumných biobank BBMRI_CZ. Infrastruktura byla založena Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy a stala se partnerem evropské infrastruktury biobank BBMRI. Infrastruktura je navržena jako síť biobank, které skladují vzorky získané od asociovaných zdravotnických institucí. Biobanky sestávají z dlouhodobého úložiště (různé typy tkání klasifikované podle diagnózy, peroperační sérum, genomová DNA, RNA) a krátkodobého úložiště (séra pacientů odebíraná v čase). Diskutujeme způsob práce infrastruktury, který musí odpovídat její distribuované povaze: získávání vzorků musí být doprovázeno extrakcí dat z nemocničních informačních systémů a tato data musejí být katalogizována v centrálním indexu pro potřeby vyhledávání. Jelikož BBMRI_CZ slouží pouze pro potřeby vědy a výzkumu, jsou data před uložením do indexu anonymizována. Index je poté k dispozici registrovaným výzkumným pracovníkům, kteří mohou o vybrané vzorky podat žádosti správcům biobank. Článek poskytuje přehled struktury dat uložených v indexu. Diskutujeme také monitorovací systém biobank, který je do BBMRI_CZ začleněn pro dohled nad dodržováním kvality uskladnění vzorků.

Klíčová slova:
biobanka – databáze – výzkum rakoviny

Zdroje

1. Msmt.cz [online]. Ministerstvo školství mládeže a tělovýchovy; cMŠMT 2006-2012 [upd. květen 2011; cit. 22. října 2012]. Dostupné z: http://www.msmt.cz/mezinarodni-vztahy/vyzkum-a-vyvoj-1/aktualizovana-cestovni-mapa-cr-velkych-infrastruktur-pro?highlightWords=cestovn%C3%AD+mapa.

2. BBMRI.eu [online]. Biobanking and Biomolecular Resources Research Infrastructure; cBBMRI [cit. 2012 October 22]. Available from: http://www.bbmri.eu.

3. BBMRI.eu [online]. Wichmann HE, Kuhn KA, Waldenberger M et al. BBMRI Catalogue – System and Data Architecture. Technische Universität München, 2010; cBBMRI [upd. 4 October 2010; cit. 2012 October 22]. Available from: http://www.bbmri.eu/bbmri/index.php?option==com_docman&task=doc_details&gid=263&Itemid=97.

4. BBMRI.eu [online]. Kuhn KA. D5.2 Strategy for Unique and Secure Identities for Specimens, Subjects, and Biobanks. BBMRI, 2009. cBBMRI [upd. 14 April 2011; cit. 2012 October 22]. Available from: http://www.bbmri.eu/bbmri/index.php?option=com_docman&task=doc_details&gid=311&Itemid=97.

5. Svod.cz [online]. Dušek L, Mužík J, Kubásek M, et al. Epidemiologie zhoubných nádorů v České republice. Masarykova univerzita 2005. [cit. 25. října 2012]. Dostupné z: http://www.svod.cz.

6. Sova M, Tomášek J. SAML Metadata Management for eduID.cz. In: Proceedings, CESNET Conference 2008 – Security, Middleware, and Virtualization, Praha, CESNET z.s.p.o., 2008: 23–28.

7. Ciriani V, De Capitani di Vimercati S, Foresti S et al. k-Anonymity. In: Yu T, Jajodia S (eds). Secure Data Management in Decentralized Systems, Advances in Information Security. Vol. 33. Springer 2007: 323–353.