Sekvence genomu a molekulární charakteristika viru klíšťové encefalitidy izolovaného od lidí

Genom viru klíšťové encefalitidy

Virus klíšťové encefalitidy je RNA virus patřící do rodu Flavivirus. Klíšťová meningoencefalitida (KME), kterou způsobuje, patří mezi nejčastější neuroinfekce nejenom v Evropě, ale také v Asii. Virus se totiž vyskytuje celosvětově, v pásmu zasahujícím střední část Evropy až po přímořské východoasijské oblasti. Výhradně v Evropě se však vyskytuje západní typ onemocnění, který je přenášen klíštětem obecným (Ixodes ricinus).

Česká republika patří mezi země s nejvyšší incidencí KME v Evropě. Čeští vědci se proto již desítky let významně podílejí na výzkumu viru klíšťové encefalitidy, nyní se jim například podařilo odhalit 5 nových genomových sekvencí tohoto viru izolovaného z člověka. Do nedávné doby přitom byly známy pouze 3 celé genomové sekvence viru evropské klíšťové encefalitidy, většinou kvůli potížím s izolací viru od pacientů. Výzkumná skupina v čele s Petrou Formanovou z Masarykovy univerzity v Brně popsala tyto nové sekvence na základě výzkumu virových kmenů, které byly izolovány od pacientů s těžkou formou neuroinfekce již v roce 1953 ve středních Čechách, a jsou tedy vůbec nejstaršími izolovanými kmeny v Evropě.

Výsledky výzkumu

Vědci prokázali, že všechny analyzované izoláty jsou vzdáleně fylogeneticky příbuzné, což naznačuje, že rozšíření klíšťové encefalitidy po celé Evropě nebylo způsobeno jedním virovým kmenem, ale spíše několika vzdáleně příbuznými kmeny. Shoda v nukleotidových sekvencích jednotlivých kmenů se pohybuje v rozmezí 97,5–99,6 %. Počet unikátních substitucí aminokyselin se pohyboval v rozmezí 3–9 u jednotlivých izolátů, žádná z těchto substitucí však nebyla typická výhradně pro kmeny izolované z lidských vzorků v porovnání s viry izolovanými z klíštěte.

Čeští vědci svým objevem 5 nových genomových sekvencí připravili půdu pro budoucí výzkumy, které se budou zabývat evolucí viru klíšťové encefalitidy od doby první zmínky o tomto onemocnění v Evropě.

(holi)

Zdroj:
Formanová P., et al. Full genome sequences and molecular characterization of tick-borne encephalitis virus strains isolated from human patients. Ticks Tick Borne Dis. 2015 Feb; 6 (1): 38–46; doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.09.002