Při výzkumu pozadí onemocnění se uplatní zjišťování polymorfismu v jediném nukleotidu (SNP)

Do studie zkoumající geny zodpovědné za vznik idiopatických střevních zánětů bylo zahrnuto 993 rodin, ve kterých se idiopatické střevní záněty vyskytly. Jednu čtvrtinu z nich (244 případů) tvořila skupina aškenázských Židů. Výsledky studie byly publikovány v březnovém vydání časopisu . Počet účastníků studie byl dostatečně vysoký na to, aby bylo možné lokalizovat gen, který je zodpovědný za rodinné predispozice.

Výzkum SNP přináší nové informace

Při předchozích postupech, které se zaměřily na polymorfismus mikrosatelitů, nebylo dosaženo potřebných informací, a proto přistoupili vědci k vyhledávání jednonukleotidových polymorfismů (SNP). To jsou takové variace v DNA sekvenci, při nichž se genom (nebo jiná sekvence DNA) mezi jednotlivými jedinci nebo mezi identickými chromozomy liší jediným nukleotidem (A, T, C, nebo G).

Obvykle je důsledkem to, že se gen kódovaný daným úsekem vyskytuje ve dvou alelách. Variace v DNA sekvencích ovlivňují patogenezi mnoha nemocí, reakci na různé patogeny, léky, vakcíny i další agens. V biomedicíně nalézá SNP uplatnění především při porovnávání kohort (například jedinců s výskytem onemocnění ve srovnání s těmi zdravými).

Analýzou DNA a vyšetřováním SNP se podařilo týmu pod vedením profesora Stevena R. Branta, gastroenterologa zabývajícího se zároveň i genetickým výzkumem, odhalit geny zodpovědné za rodinný výskyt Crohnovy nemoci u aškenázských Židů. Tyto geny se nacházejí na prvním a třetím chromozomu. Další poznatky se týkaly genů umístěných na chromozomech 13, 2 a 9, jejichž polymorfismus byl rovněž spojen s výskytem nespecifických střevních zánětů.

Při výzkumu byla také využita jedinečná technika – genome-wide linkage, metoda, která umožní vyhledávat variace v genomu až desetkrát rychleji než standardně používané postupy.
Je to první studie, ve které se podařilo odhalit úsek genomu specifický pro aškenázské Židy s Crohnovou nemocí. To objasňuje, proč je u tohoto etnika dvakrát vyšší výskyt idiopatických střevních zánětů.

I přes zveřejněné závěry je pro definitivní objasnění toho, jaké geny hrají v patogenezi idiopatických střevních zánětů hlavní roli, zapotřebí dalšího výzkumu. Kompletní znalost úseků genomu zodpovědných za vznik onemocnění by umožnila přesněji cílit terapii a účinněji se věnovat prevenci u rizikových pacientů.

Zdroj:

• Johns Hopkins Medical Institutions (2008, March 27).
  New Genetic Markers For Crohn's Disease Discovered, Study Suggests.
• (2008) 9, 161–167

(hak)